В данной статье анализируются механизмы эффективного управления международной инновационной деятельностью на примере взаимодействия университета и предприятия малого и среднего бизнеса. Статья опирается на авторское прикладное исследование, проведенное в рамках гранта Института общественного проектирования. В процессе исследования оценивались эффективные механизмы управления международной инновационной деятельностью с точки зрения представителей российских университетов и предприятий малого и среднего бизнеса Германии. Данные глубинных интервью были проанализированы с помощью метода текст-майнинга и SWOT-анализа. Это позволило выявить сильные и слабые стороны, возможности и угрозы, возникающие в процессе управления международной инновационной деятельностью, а также сформулировать две стратегии, направленные на повышение эффективности управления международной инновационной деятельностью: с точки зрения управленческих механизмов и с позиции руководителя международного инновационного проекта и влияния кросс-культурных факторов.